In una lettera datata 1892 di Luigi Adriano Milani al Ministro della Pubblica Istruzione P. Villari appare chiaro come il Palazzo della Crocetta sia stato scelto in funzione del giardino, che sembrava adatto ad ospitare in ali costruite all’interno le sculture antiche disseminate nella Galleria degli Uffizi e in vari palazzi fiorentini.
Milani considera il giardino come un’appendice del suo Museo Topografico e, per allestirlo, fa riferimento alla propria esperienza di studioso e visitatore dei maggiori musei europei: il metodo di “trapianto” dei monumenti era diffuso in quell’epoca e aveva esempi illustri soprattutto a Berlino con la porta di Babilonia o l’altare di Pergamo. Accanto a questa impostazione scientifica il Milani non disdegna la scelta di sculture poste nel giardino “per vaghezza”, inseguendo una sensibilità classica.
I giardini all’inglese dell’800 sono ricchi di giochi d’acqua e ruderi antichi, in Svezia nel 1891 viene aperto un parco botanico che ospita all’interno un museo del folklore. In Italia, invece, si mantiene il cosiddetto giardino all’italiana, che nell’800 può essere arricchito da piante esotiche ma in generale conserva la struttura di età rinascimentale.
Il giardino del Palazzo della Crocetta aveva ricevuto la fisionomia che in parte conserva ancora oggi: il principe di Craon, reggente granducale, intorno alla metà del Settecento aveva chiesto al giardiniere di Boboli, Francesco Romoli, di suddividere gli spazi in una serie di aiuole rettangolari e di allestire un agrumeto (di questo si conservano tre piante in prossimità del Salone del Nicchio). In questo assetto il giardino entra a far parte del Museo nel 1885.
Il giardino pensato dal Milani è un museo en plein air, che suscita anche l’ammirazione di studiosi stranieri e forse prende spunto dalle Esposizioni Universali che nel corso del secolo vengono allestite nelle capitali europee.
L’idea è quella di smontare alcune tombe etrusche e ricostruirle a Firenze in modo da permettere al visitatore l’esperienza allora rara di venire a contatto con il materiale direttamente nel contesto di pertinenza. Il criterio di scelta è legato alle condizioni di conservazione, per cui sono spostati solo quei monumenti per i quali non è garantita una buona tutela sul posto. Tuttavia gli intenti scientifici di Milani lasciano presto il posto a una suggestione estetica che non va troppo per il sottile: Giuseppe Castellucci, l’architetto che cura il trasporto delle tombe e la loro ricostruzione, non è attento a mantenere solo il materiale originario e compie integrazioni ardite.
In alcuni casi (tombe di Poggio alla Guardia e del Diavolino I, dal territorio di Vetulonia, Grosseto) la ricostruzione è solo parziale e si provvede al trasporto della sola cella; nella tomba di Casale Marittimo (Li) i blocchi delle pareti della camera e della pseudo cupola, originariamente lavorati a secco dagli Etruschi, vengono ricomposti con malta legante, mentre fra gli elementi lapidei della copertura si inseriscono staffe, a loro volta bloccate da pile di mattoni. Il muro circolare (tamburo) che sostiene e nello stesso tempo decora la base del tumulo non è ripristinato: il tumulo emerge così dal piano di calpestio del terreno del giardino; sarà uno dei successori, Antonio Minto, a tentare di salvare l’apparenza mettendo delle pietre informi che conferiscono al tutto l’aspetto di un’aiuola fiorita recintata.
Una delle suggestioni di Luigi Adriano Milani era la ricostruzione fatta a Londra di una tomba etrusca nella quale i visitatori erano invitati a entrare al lume di torce, l’atmosfera, così resa toccante, aveva colpito il direttore fiorentino, che quindi arricchisce le tombe ricostruite nel giardino di oggetti anche quando non appartenenti al medesimo contesto; sulla tomba di Casale Marittimo è infatti il cippo di Settimello (Fi) e all’interno della tomba della necropoli orvietana del Crocifisso del Tufo viene inserito il corredo di una tomba diversa della stessa necropoli.