Il 5 maggio del 1897 al piano terreno della Crocetta viene inaugurato il Museo topografico: esso comprende diciassette sale, e il nucleo più significativo è formato dal materiale proveniente da Vetulonia (Gr), scavata in quegli anni da Isidoro Falchi.
Il progetto di Luigi Adriano Milani (1854-1914) è ambizioso: egli intende ordinare il materiale archeologico, che giunge dagli scavi fortuiti o sistematici, seguendo un principio “innovativo” per l’epoca, quello topografico. Allestisce le sale al piano terra del Palazzo della Crocetta perché intende creare una continuità anche visiva con i materiali del giardino.
Già nel 1908 alle sale iniziali lungo via della Colonna si aggiungono altre otto sul lato opposto del giardino, oggi non più esistenti: ogni sala è dedicata a uno dei populi Etruriae, nella definizione che si legge nelle fonti latine e che dunque rispecchia una suddivisione romana legata all’elenco della dodecapoli; i materiali, riuniti secondo il luogo di provenienza, sono allestiti con cura didattica, forniti di una mappa che definisce il contesto geografico pertinente.
A Vetulonia sono dedicate tre sale (materiali villanoviani di Poggio alla Guardia, corredo della tomba del Duce, della Pietrera, della tomba del Littore); Populonia è presente inizialmente con una collezione di monete; nella sala di Chiusi (Si) è allestita la collezione che il barone Foucques de Vagnonville ha lasciato in eredità al Comune di Firenze.
I frontoni di Luni sono sistemati nella Galleria che si affaccia sul giardino; anche i resti degli scavi nel centro di Firenze sono accolti nelle sale del Topografico.
Per realizzare la sezione topografica Milani punta ad assicurarsi i frutti degli scavi più recenti o i pezzi che giacciono nei palazzi nobiliari: dagli scavi condotti a Falerii (odierna Civita Castellana, in provincia di Roma) dall’antiquario Benedetti e a Narce da Adolfo Cozza, Angiolo Pasqui e Felice Barnabei, Milani acquista alcuni corredi; tra il 1902 e 1903 giungono altri corredi da Saturnia (Gr), e dalle necropoli di Monte Michele presso Veio (Roma).
Dal 1893 al 1916 il principe Tommaso Corsini, con l’autorizzazione di Milani, conduce ricerche sistematiche, condotte con rigore scientifico nella tenuta di sua proprietà a Marsiliana d’Albegna (Gr). Dal 1908 cominciano gli scavi governativi a Populonia nella necropoli di San Cerbone.
Con l’avvento del Soprintendente Antonio Minto (1880 – 1954), dopo il periodo difficile del primo dopoguerra, il Museo Archeologico è al centro di un progetto di ampio rinnovamento che però non tocca il giardino sistemato da Milani e che prevede un ampliamento della sezione topografica. Con il tempo le sale diventano 52, organizzate secondo le intenzioni di Milani e arricchite dall’intensificarsi degli interventi sul territorio ad opera della Soprintendenza. Lo smantellamento delle sale su via della Colonna è dettato da problemi strutturali, tuttavia segna la fine della stretta connessione tra Topografico e giardino che era stata alla base dell’impostazione di Milani.
L’alluvione del 1966 è particolarmente rovinosa per la sezione Topografica che l’ubicazione al piano terra rende evidentemente vulnerabile: i lavori di recupero dei materiali costringono alla chiusura delle sale. Negli anni ‘90 si cerca a più riprese di riaprire il Museo Topografico tra problemi economici di gestione e dubbi metodologici e museografici, inoltre a poco a poco molte comunità locali investono nei propri beni archeologici e creano antiquaria o musei che tolgono a Firenze le sezioni relative. Vetulonia, Piombino (Li), Cortona (Ar), Chianciano (Si), Sarteano (Si) e molti altri, diventano sempre più autonomi nella gestione dei reperti scavati sul territorio e in Toscana si assiste al fiorire di una rete di musei civici organizzata e in costante evoluzione.
Oggi le sale dell’ex Topografico sono state definitivamente smantellate e nel Museo Archeologico è stato ricavato uno spazio espositivo per quei materiali che i problemi di ordine economico e di spazio non permettono di rendere fruibile al pubblico. Le mostre temporanee organizzate nell’ex Topografico forse acquistano un’importanza essenziale per mantenere vivo il Museo, in un rapporto di scambio e arricchimento reciproco con il visitatore.
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